當樹木染病后其樹根患部組織會變色，但與健康組織間界限不明顯，而后木材褐化，數月后白腐，長有不規則褐色網紋線。病根表皮易剝離，覆蓋褐色菌絲塊，并黏沾土礫石塊。若樹木感染褐根病未經妥適處理，其結局則是病株急速凋萎，樹木死亡后干枯的葉片與果實可存留在枯樹上數月，或者植株生長衰弱，葉片稀疏及掉落，約1-2年后死亡。

褐根病威脅臺灣農、林產業及綠美化資源，造成經濟上的損失，另本病導致木材白色腐朽，使樹體容易倒伏，形成公共安全隱憂。近年來發現植物罹病記錄漸趨增加，恐有蔓延擴散之虞，目前已成立跨部會樹木褐根病防治推動小組推動全臺防治、宣導及監測工作。

褐根病使樹體容易倒伏，形成公共安全的隱憂。

對于珍貴樹種或老樹可先行施以預防性藥劑灌注。
現依據行政院農業委員會林務局對褐根病防治方法的建議如下：

1、 已發病地區：
在已發病的區域如沒有足夠的經費，至少需做阻隔病害擴散的處理，如該區域要重新種植木本植物則需清除土壤中病原菌。

（1）阻隔病害擴散 (掘溝阻斷法)：
將病主根挖除燒毀，在健康樹與病樹間掘深溝 (超過1公尺)，并以強力塑膠布阻隔后回填土壤，以阻止病根與健康根的接觸傳染。
（2）清除土壤中的病原菌：
（a）熏蒸法：將受害植株的根部土壤松開，撿起所有根部并燒毀。清除病根后的土壤需進行熏蒸處理。熏蒸處理的藥劑有邁隆 (衛本) 或尿素配合石灰。
（b）水淹沒法：如發病地區的環境允許進行淹水處理，則不必使用上述熏蒸法處理，以減少使用化學藥劑。本方法也需先撿起土壤中的病殘根，再進行1個月的浸水，以殺死土壤中的存留病原菌。

樹上綁著一大塊標示褐根病防治程序的塑膠帆布。

2、藥劑治療與保護：
感病初期的樹木及病死樹周邊的健康樹木，需施用化學藥劑治療與保護，可使用三泰芬、三得芬、新星、銅快得寧、撲克拉或尿素石灰等藥劑，以藥劑混土覆蓋法或藥劑稀釋灌注法處理。

褐根病之防治方法，雖有多種被提及，但中華永續農業協會的研究顯示臺北市政府曾4年砸1億，卻擋不住褐根病，束手無策。以及褐根病蔓延，大安森林公園拉警報。顯然，廣泛性施用“邁隆”熏蒸處理，徒勞無功，無法滅絕褐根病菌。目前所之防治方法，長久持續大量施用熏蒸劑，衍生抗藥性之褐根病菌菌系勢所難免，而且對生態系破壞性稿，對于人、畜、野生物、微生物多樣性之滅絕之負面作用不容忽視，更何況也不符防治成本效益，且不符具深根系、廣根系特性林木之病害防治原則。

此外，也和所標榜之無毒島、有機農業、生態永續經營之理想、愿景背道而馳，亦和地球村之綠色環保之趨勢大相逕庭。倘若以系統性殺菌劑進行根、莖基部點滴灌注，可藉擴散或輸導作用，反而較易達到觸殺病原效果。職是之故，對于珍貴樹種或老樹先行施以預防性藥劑灌注，或定期以靈敏之分子標記進行檢測，驗證有病原存在時，立即進行藥劑灌注，應可事倍功半，并減少成本，以及藥劑對于根圈土壤之污染和對生態系之破壞。

現行樹木褐根病防治標準作業流程，亦水淹沒法，然于自然林地，就罹病林木或已枯死之林木長期浸水處理，常受水源、地貌、地質所限，通常難以執行。此外，于林地浸水處理成效亦未經驗證；倘若處理對象為尚未枯死之林木，長期浸水，就學理而言，亦不利于林木生長，很可能導致根系缺氧、窒息，或遭受其他喜濕性之卵菌病原侵染，而加速其死亡。

真菌，包括樹木褐根病菌，及層根腐病菌，皆系經地球之長期生態選汰、演化后，可適應之棲息物種，故生態條件適合時，造成發病、感染，此純屬必然；就此原則衡量，事實上無法滅絕此褐根病之病原，只能由樹種、栽培、管理、經營等途徑，降低發病率，經由物種自然演替，維持生態系多樣性平衡。因此，結合早期快速診斷、鑒定、早期治療，以及生態撫育、種植抗病、耐病樹種、合理栽培管理、化學藥劑、生物防治、抗病育種、抗病單株選植等技藝，進行綜合病害管理，應為上策。

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參考資料引用來源:
行政院農業委員會林務局臺東林區管理處網站──褐根病防治工作
中華永續農業協會──褐根病防治對策
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